悠久の時の底に沈められた真実が、今こそ浮かび上がる――

「僕、この事件が分かってしまったかもしれません」

　プトレマイオスを名乗る機械の鳥に導かれ、エルメロイII世を伴った時計塔とアトラス院の合同発掘調査団は、海底のアレクサンドリア大図書館へと潜入する。
　一方その頃、エルゴと凛も、合同発掘調査団にアトラス院の反逆者がいるとシオンに話され、別ルートから海底遺跡を目指していた。
　奇怪極まるファラオ殺人事件の真相は？
　考古学科(メルアステア)の君主(ロード)、カルマグリフは何を狙うのか？
　アレクサンドリア大図書館に記録されているというエルゴの正体とは？
　
　悠久の時の底に沈められた真実が、今こそ浮かび上がる――