「京極夏彦が生きている――。」という考えられないニュースが異能特務課まで届き、情報収集に動く新人エージェント・辻村深月。彼女と殺人探偵・綾辻行人が密会をする中、謎の集団から襲撃をうけてしまい――?
特一級危険異能者の探偵・綾辻行人と、その監視任務に就く異能特務課の新人エージェント・辻村深月。二人はある奇怪な殺人事件の謎解きを政府から依頼されるが、それは命懸けの闘いの始まりだった――。