街中で敵陣営と思わしき軍人たちに襲撃を受ける奏丈とセイバー。一方、宿に一人残った九十九のもとへ「セイバー・坂本龍馬」を名乗るサーヴァントが襲い掛かり──。
衰退した魔術師の家系に生まれた少年・奏丈は、祖母の家で起動した魔術礼装により、大戦只中の帝都へ跳ばされてしまう。そこで奏丈は大戦の裏で行われていたもう一つの戦争──『聖杯戦争』に巻き込まれて…。